苏州市档案馆馆藏档案是根据国家有关规定，分期分批从市各有关部门接收和征集进馆的。馆藏档案的管理依据档案业务规范，以全宗为单位(一个立档单位为一全宗)，进行科学的分类、整理、排列、编目。到2020年底，馆藏档案共有583个全宗，510232卷、296128件，其中历史档案有52个全宗，16215卷，318件；现行档案531个全宗，494017卷，295810件；资料55949册；档案排架长度为七千多米。另有照片档案62213张，音像档案1058件、实物档案4189件、书画作品1289幅。馆藏分建国前的历史档案和建国后的苏州地区档案和苏州市档案，起止年限为1447-2019年。馆藏以文书档案为主，会计、统计、诉讼、人口普查、婚烟登记等专门档案和科技档案也占有一定比例，还有一定数量的照片档案、声像档案、碑拓档案、实物档案，基本上形成了一个内容丰富、种类齐全、结构较为合理的馆藏体系。现保存最早的档案是形成于1447年明朝正统年间的买地券砖刻档案，最具地方特色和历史特色的档案是形成于1905-1949年的苏州商会档案，其中市民公社专题档案是国内军见的珍贵档案。馆藏数量最多的是1949年至2010年苏州地方党政机关形成的文书档案，真实记录了苏州市70余年来政治、经济、社会等各项事业发展的轨迹。

主要内容有以下几个大类：

中华人民共和国成立前苏州旧政权档案。民国时期(1927-1937年和1945-1949年)国民党吴县(今苏州市)县政府及军警机关的档案；日伪时期(1937年12月-1945年8月)日伪吴县公署的档案。这些档案记载了国民党及日伪统治时期统治者压迫镇压人民革命的史实，基本上能反映旧中国吴县地方的历史面貌，对于研究苏州近代史、帝国主义侵华史及编修地方史志，有重要的参考价值。

中华人民共和国成立前苏州地方社团组织及金融工商企事业档案。苏州在清代为江苏省会所在地，苏州商务总会等社团组织都具有省级社团的地位，是苏州地方举足轻重的自治团体。苏州商会统辖苏州、松江、常州、镇江四府和太仓直隶州商务分会，与江宁(南京)、上海商会共管江苏商务，是与京、津、沪、汉、渝、穗、宁齐名的全国八大商会之一。苏州商会档案是苏州商会近半个世纪从事政治、经济、文化、教育、社会生活诸方面的原始记录，见证了苏州由封建社会进入半封建半殖民地社会的历史进程，是全国罕见的珍贵档案，其中晚清部分已列入《中国档案文献遗产名录》。除商会档案本身具有较高的史料价值引起海内外专家学者的关注外，有关市民公社、苏州商团、丝绸、银行钱庄等各方面的档案也极具特色。另外，苏州商会档案中包含了46个同业公会的档案，同样珍贵。苏州历史上经济比较发达，是资本主义萌芽较早的城市，金融、纺织、丝绸、火柴、面粉、供电等企业，形成了较多档案，如苏纶纺织厂、苏州电气公司的档案等。这些档案形成时间跨度长，蕴含的档案信息丰富，反映了中国民族资产阶级发展的状况、特点和部分企业的经营方式、管理办法、劳资关系，以及苏州工人阶级发展成长过程，是研究苏州经济史、工人运动史的第一材料。这部分档案经过整理，已编辑出版部分档案汇编、选辑，供读者研究利用。

中华人民共和国成立前教育档案也比较丰富，体现了苏州“文萃之邦”的特色。自北宋范仲淹创建府学、倡导兴学后，苏州教育事业日益发展，府学、县学相继建立。南宋以后又出现书院，知名学者不断涌现，蔚然成为东南文教之邦。第二次鸦片战争后，教会学校随着外国势力的入侵一起进入苏州，出现了不同教派的外国传教士创办的小学、中学、职业学校和大学，著名的有东吴大学、桃坞中学、萃英女中等百年学校。与此同时地方上出现了苏州中学、苏州女子中学等公立中学和振华中学、伯乐中学、乐益女中等大批私立中学。这些档案充分反映了清末至解放前夕苏州的教育发展概况，是研究近代苏州教育的历史依据。

革命历史档案。革命解放前中共苏州地下党组织及其领导下的工会等组织在革命斗争中形成的文件材料、传单、会议记录、进步书刊等革命历史档案，其中反映五卅运动、北伐战争期间党领导下的工人运动，以及保卫苏州、迎接解放等活动的档案史料较多，部分已被编入苏州党史、革命史资料。

中华人民共和国成立后苏州各党政群机关形成的档案。主要有1949-2000年中共苏州市委和苏州市人民政府各部委办局，以及市级临时机构和撤销单位的档案，内有在苏北白蒲准备解放苏州和接管苏州的部署，苏州地下党组织收集编印的《苏州概况》、《昆山概况》、《常熟概况》等；解放和接管苏州的法令、通告，接管后对城市进行改造、政权建设、国民经济恢复，以及社会主义建设时期的档案资料。这部分档案大多比较系统完整，能全面地反映解放后尤其是改革开放以来，苏州市政治、经济、文化、教育、社会生活发展的历史轨迹，为研究苏州现代史、城市建设史、各类专业史的地方史志工作者和各方面人士查考利用提供准确的依据，因而具有重要价值。中共苏州地委和苏州地区行署及地区各部委办局机关的档案，记载地区土地改革、民主改革、增产节约、三反五反运动、社会主义改造、工农业生产、水利建设等内容，反映了1983年以前苏州地区各项改革、经济建设等方面的历史面貌。